Иван Степанович Проханов родился 17 апреля 1869 года во Владикавказе. Во время учебы в реальном училище он увлекся пессимистической философией Шопенгауэра и Гартмана и даже задумал самоубийство. Но у Бога был иной план на его жизнь. В результате молодой человек уверовал в Иисуса Христа и в возрасте 17 лет принял крещение в общине баптистов Владикавказа.

В 1888 году он стал студентом Петербургского технологического института, выдержав конкурс из шести человек на место. Учебу он сочетал с активным евангельским служением. С 1890 года он участвует в издании журнала «Беседа», адресованного верующим разных течений. Журнал издавался нелегально и рассылался заказными письмами по всей России.

В 1893 году Иван окончил Технологический институт, а через два года выехал за границу. Это время он использовал для повышения своего духовно-культурного уровня, посещая лекции и учась в различных учебных заведениях Англии, Германии и Франции. В этот период расцвел его поэтический талант. В Европе он изучил несколько языков, что помогло ему в переводе текстов известных духовных гимнов на русский язык.

В 1898 году Проханов выполнил ответственную миссию на острове Кипр, где в ужасных условиях находились отплывшие из России в Канаду духоборы. Организационные способности Проханова пришлись здесь очень кстати. Однако, ухаживая за больными, он и сам заболел и был близок к смерти, но выздоровел и смог вернуться на родину.

По прибытии в Россию в январе 1899 года Иван посетил отца в армянской деревне Гирюсы, где тот отбывал ссылку, а затем отправился в Ригу. Там он смог проработать только до 1901 года, а затем по требованию МВД был уволен с должности помощника профессора Рижского политехнического института как «один из лидеров штундизма». В том же году он переехал в Санкт-Петербург, где устроился инженером в американскую электротехническую компанию «Вестингауз», в которой проработал 20 лет. Там он занимался подготовкой и запуском петербургского трамвая, любя повторять, что двояко содействовал спасению людей: во-первых, тормозом Вестингауза защищал пассажиров от телесной смерти; во-вторых, Словом Божьим спасал духовных пилигримов от вечной смерти. При этом, идеалом для него служил апостол Павел, который совмещал усердный труд на ниве Божьей с изготовлением палаток, чем зарабатывал себе пропитание.

В 1902 году Проханов издал замечательный сборник духовных песен «Гусли». По иронии судьбы он был напечатан в издательстве МВД. Вскоре правительство спохватилось и попыталось конфисковать тираж, но было поздно, так как все книги уже разошлись. Иван избежал неприятностей и возможного ареста лишь потому, что фирма «Вестингауз» как раз в это время отправила его в длительную служебную командировку в США, где он пробыл два года.

Революция 1905 года создала благоприятные условия для деятельности евангельских общин. Вернувшись из Америки, Проханов занялся молодежным служением и издательской деятельностью. Он печатал журнал «Христианин» с многочисленными приложениями, газету «Утренняя звезда»; один за другим выходили сборники духовных гимнов и разная духовная литература. Проханов уделял большое внимание вопросам образования и подготовки проповедников. С 1905 по 1907 год по его инициативе в Петербурге периодически действовали шестинедельные курсы проповедников. В 1913 году ему удалось добиться открытия двухгодичных Библейских курсов для проповедников, которые, правда, проработали недолго и были закрыты с началом Первой мировой войны.

Проханов понимал, что без юридического оформления широкая миссионерская деятельность была немыслима. В 1908 году по его инициативе община пашковцев была зарегистрирована под названием «С.-Петербургская Община Евангельских Христиан». Проханов был избран ее председателем. Следующим шагом стало объединение родственных по вере российских общин пашковцев со штундистами Малороссии, которое было осуществлено на съезде, состоявшемся в Санкт-Петербурге в 1909 году. Проханов объявил о создании Всероссийского союза евангельских христиан и был избран его председателем. Через год в целях консолидации движения он разработал вероучение евангельских христиан. Союз осуществлял деятельность в рамках всей Российской империи и стал, по его замыслу, «важным рычагом в деле духовного пробуждения русского народа».

Со времен юности Проханов выступал как правозащитник. В 1913 году, когда религиозную свободу стали ущемлять, он написал и издал «Записку о правовом положении евангельских христиан, а также баптистов, и сродных им христиан в России». Подкованный в юридических вопросах, он быстро реагировал на нарушения прав верующих, чинимые местными чиновниками. Собирая такие сведения, он через печать разъяснял верующим их права, а также обращался с ходатайствами в органы власти. Его действия часто имели успех.

Февральская революция 1917 года открыла новые возможности для проповеди Евангелия, но одновременно стала причиной тяжелейших испытаний. В 1918 году на Петроград обрушился страшный голод; одна за другой уносили людские жизни эпидемии тифа, холеры, гриппа - испанки; свирепствовал большевистский террор. По причине голода большинство верующих покинуло свои общины, переселившись в хлебородные места. Евангельские общины юга России звали Проханова приехать, поскольку и с продовольствием там было лучше, и террор был не такой силы. Но он отвечал: «Если корабль идет ко дну, то капитан корабля оставляет его последним». Он считал своим долгом оставаться с теми, кто не мог уехать. Из-за полуголодного существования он выглядел как ходячий скелет, еле передвигал ноги, дважды на улице падал в обморок, но ни на минуту не остановил свой пастырский труд...

В 1920-е годы деятельность Проханова была обширной и разнообразной. В 1922-1923 годы он активно взаимодействовал с обновленческими ветвями православной церкви, надеясь реформировать православие в евангельском духе. Под его началом осуществлялась помощь голодающим Поволжья; были созданы сельскохозяйственные коммуны в Тверской губернии; организованы в Петрограде/Ленинграде Библейские курсы, действовавшие с 1922 по 1929 год и выпустившие свыше 400 проповедников Евангелия. Он собирал средства в евангельских кругах на издательскую деятельность, для чего не раз выезжал за границу. Это позволило печатать в СССР Библии, симфонии, сборники духовных песен, журнал «Христианин» и другую духовную литературу. За два десятилетия, в течение которых Проханов напряженно трудился на посту председателя Всероссийского союза евангельских христиан, он руководил работой десяти союзных съездов; количество членов союза выросло более чем в 10 раз, достигнув 350 тысяч человек, объединенных в несколько тысяч общин.

Проханов мечтал не только о численном росте церкви, но и о преображении жизни всего российского народа на евангельских началах. Он верил, что только следование Евангелию сделает народную жизнь по-настоящему чистой, счастливой и угодной Богу. Христианские общины должны были показать наглядный пример, проводя в жизнь идеалы «Новой или Евангельской жизни» (так он назвал свою концептуальную статью). С той же целью он вынашивал идею и вел в 1927-1928 годы переговоры с государством о строительстве на Алтае города Солнца, в котором жизнь горожан, основанная на Евангелии, стала бы образцом новой идеальной жизни. Но власти, сначала обнадежив его, затем отказали.

Личность Проханова уже при жизни вызывала много кривотолков и споров. Консервативно настроенные верующие не вмещали необыкновенную широту его интересов и с опаской следили за его новшествами. Но более всего препятствий ему чинили власти. В советское время Проханов дважды подвергался арестам. С мая по июль 1921 года он вместе с членами молодежной конференции евангельских христиан был арестован в Твери и находился в заключении, пока друзья не выхлопотали ему освобождение. Второй раз он находился под арестом в Москве с апреля по июнь 1923 года. Проханову ставили в вину контрреволюционную агитацию, и чтобы иметь возможность продолжить свою деятельность, ему, считаясь с требованиями власти, пришлось пойти на уступки.

В мае 1928 года Проханов выехал за границу на Всемирный съезд баптистов в Торонто, а также для сбора средств на печатание Библий. Весной 1929 года в СССР было принято новое антирелигиозное законодательство, открывшее эпоху суровых гонений на церковь, после чего Проханов решил остаться за границей для сбора помощи единоверцам. Последние годы жизни он много путешествовал по странам Европы и по Северной Америке, занимаясь объединением евангельских церквей русской эмиграции во Всемирный союз евангельских христиан. Вследствие тяжелой болезни он отошел в вечность в Берлине 6 октября 1935 года.

Проханов был незаурядной личностью. Его наследие включает свыше 1200 песенных текстов, богословские труды и автобиографию.

Родители Ивана были молоканами. Отец, Степан Антонович, стал баптистом и пресвитером. Мать, Аграфена Савельевна, пережила мужа на 22 года. С ним росли два брата, Александр и Василий.

В 1901 году Иван женился на Анне Ивановне Казаковой. В семье родились два сына: Ярослав и Всеволод. В 1919 году Анна скончалась от холеры. В 1926 году погиб сын Всеволод. Старший сын Ярослав стал известным ботаником.

Проханов был похоронен в Берлине на кладбище Святой Троицы (нем. Dreifaltigkeitskirchhof II). Берлинская община евангельских христиан поставила на его могиле надгробный камень со ссылкой на новозаветный текст Послания к Филиппийцам 1:27: «подвизаясь единодушно за веру Евангельскую». Эти слова были особенно любимы Иваном Степановичем и подчеркивались им постоянно. После Второй мировой войны (вероятно, в 1960-е годы) могила Проханова была утрачена в связи с прокладкой автобана, затронувшей этот участок кладбища.