Из лагерей и тюрем стали освобождать руководителей Союза евангельских христиан. В Москву вернулся и был полностью реабилитирован председатель Я. И. Жидков , а также известный проповедник и позднее долговременный секретарь Союза евангельских христиан-баптистов А. В. Карев, сотни других священнослужителей. Оставшиеся в живых и на свободе после страшных гонений руководители баптистов М. И. Галяев и А. И. Левинданто обратились к ним с просьбой принять оставшиеся баптистские общины в состав Союза евангельских христиан. До войны об этом не могло быть и речи, советские власти просто не допустили бы такой активности христиан, теперь же это стало возможным да, впрочем, было вполне естественным.

Целый ряд писем был отослан церквям, находящимся на оккупированных территориях. Неизвестно, дошли ли они до своих адресатов, а если дошли, то, как восприняли читатели, например, настойчиво звучавший призыв вступать в партизаны.

Достоверно известно, что сами верующие, не дожидаясь указаний от руководства, взялись за оборону страны. Братья-баптисты уходили на фронт, в окопы, трудились на фабриках, заводах и рудниках. Христианки общин гг. Москвы и Ульяновска (в Ульяновск были эвакуированы семьи руководства Союза) предложили организовать массовый ремонт и пошив обмундирования для Красной Армии, показывая пример евангельского отношения к труду. Осенью 42-го женщины многих евангельских общин вместе выехали на сбор урожая для воюющего государства.

В январе 1943 года Центральная церковь ЕХБ в Москве объявила сбор средств на постройку санитарного самолёта для Красной Армии. Его назвали «Добрый самарянин». Всего за несколько месяцев удалось собрать около 100 000 рублей — исключительно за счёт пожертвований на богослужениях по всей стране. Деньги были перечислены в Фонд обороны СССР через Госбанк.

Дальнейшая судьба самолёта и собранных средств осталась неизвестной: ни в церковных, ни в государственных архивах следов найти не удалось. Тем не менее, акция стала символом жертвенности верующих.

Сборы продолжались и после этого:

• в 1944 году — для помощи христианам на освобождённых территориях (около 400 000 рублей),
• в 1945 году — для сирот погибших воинов-баптистов.

«Добрый самарянин» стал самой известной и в то же время загадочной акцией помощи ЕХБ фронту. Хотя судьба самолёта неясна, она символизирует огромный вклад верующих в Победу. Точный общий объём пожертвований в годы войны до сих пор не установлен.

Верующие на фронте, как и в годы Первой мировой войны, плечом к плечу сражались с неверующими бойцами.

Рядовым, например, прошел всю войну И. Мартыненко, став кавалером нескольких боевых орденов. Позже, с 1961 года он был старшим пресвитером Очамчирской церкви в Грузии.

Известный проповедник Иван ГнидА, будущий зам. Генерального секретаря Союза ЕХБ, обратился к Богу, будучи на фронте. Он получил тяжелое ранение, попав в окружение под Ленинградом. Находясь в госпитале в ожидании срочной операции, он воззвал к Господу и дал обет, что будет Ему служить, если Бог спасет его от верной смерти. Господь действительно спас его чудесным путем: на последнем корабле вместе с другими ранеными он был вывезен в Ленинград.